Par Louis LAURENT · Publié le 26 septembre 2026 · 10 min de lecture

Pour que Codex lise et mette à jour tes notes Obsidian, tu n'as besoin d'aucun plugin : tu ouvres ton coffre Obsidian comme un projet dans Codex et tu y ajoutes un fichier AGENTS.md qui fixe les règles d'écriture

Obsidian range tes notes dans un simple dossier de fichiers Markdown. Codex sait lire et modifier des fichiers dans un dossier. Les deux se branchent donc naturellement

La vraie difficulté n'est pas technique. Sans règles, un agent qui écrit dans tes notes crée vite des doublons, écrase des passages ou mélange un ancien état avec l'actuel

Je travaille comme ça tous les jours chez Kryve : des coffres Markdown lus par des agents, avec des règles strictes sur la manière d'y écrire. Je l'ai montré en vidéo le 12 septembre (la démo complète sur YouTube). Ici, je te donne la méthode, avec une structure d'exemple que tu peux copier

Pour des raisons de confidentialité, tous les dossiers et fichiers de cet article sont des exemples génériques. Aucun ne reprend le contenu de nos coffres

Pourquoi Obsidian marche si bien avec un agent IA

Obsidian stocke tes notes sous forme de fichiers texte au format Markdown, dans un coffre, qui n'est rien d'autre qu'un dossier de ton ordinateur avec ses sous-dossiers (documentation Obsidian)

Trois conséquences comptent pour un agent :

• Le Markdown, c'est du texte lisible par un modèle. Pas de format propriétaire à convertir, pas d'export

• Obsidian se met à jour tout seul. Quand un autre programme modifie un fichier du coffre, l'application rafraîchit l'affichage. Codex écrit, tu vois le résultat dans Obsidian

• Les notes portent leur structure. Les liens internes [[nom-de-la-note]] relient les idées (liens internes) et les propriétés en YAML en haut de fichier donnent une date, un statut ou un type (propriétés). Un agent sait lire et écrire les deux

La vue graphe affiche chaque note comme un point et chaque lien comme une ligne (vue graphe). C'est l'image qu'on voit dans toutes les vidéos de « second cerveau », et elle est utile pour une raison simple : une note isolée, sans lien, est une note que ni toi ni l'agent ne retrouverez facilement

Dernier point pratique : Obsidian est gratuit, sans inscription, et l'usage professionnel ne t'oblige à acheter aucune licence (tarifs Obsidian). Sync et Publish sont des options payantes dont tu n'as pas besoin ici

Ce qu'il te faut avant de commencer

• Obsidian, installé sur ton ordinateur

• Codex, dans l'application de bureau ChatGPT ou en ligne de commande. Dans l'application, tu peux ouvrir un dossier et Codex travaille avec les fichiers qu'il contient (documentation de l'application)

• Un dossier dédié qui deviendra ton coffre

• Git, recommandé. Il garde l'historique de chaque modification et permet de revenir en arrière si l'agent se trompe. Obsidian fonctionne avec Git comme avec Dropbox ou iCloud

Tu n'as pas besoin de savoir coder. Tu vas surtout écrire des règles en français

Étape 1 : une structure de coffre simple

Commence petit. Voici une structure d'exemple, inventée pour l'illustration :

second-cerveau/
├── AGENTS.md
├── index.md
├── log.md
├── inbox/
├── journal/
│   └── 2026-09-26.md
├── projets/
├── sujets/
└── sources

second-cerveau/
├── AGENTS.md
├── index.md
├── log.md
├── inbox/
├── journal/
│   └── 2026-09-26.md
├── projets/
├── sujets/
└── sources

second-cerveau/
├── AGENTS.md
├── index.md
├── log.md
├── inbox/
├── journal/
│   └── 2026-09-26.md
├── projets/
├── sujets/
└── sources

second-cerveau/
├── AGENTS.md
├── index.md
├── log.md
├── inbox/
├── journal/
│   └── 2026-09-26.md
├── projets/
├── sujets/
└── sources

Chaque fichier et chaque dossier a un rôle unique, et c'est ce qui compte :

• AGENTS.md contient les règles que l'agent lit avant tout

• index.md est la carte du coffre : ce qui se trouve où

• log.md est le registre des modifications de l'agent

• inbox/ reçoit tout ce que tu jettes en vrac. L'agent a le droit d'y écrire sans trop réfléchir

• journal/ garde la trace datée : ce qui a été fait, décidé, reporté

• projets/ et sujets/ contiennent ce qui doit durer. C'est là que l'agent doit être le plus prudent

• sources/ conserve les documents d'origine, pour pouvoir vérifier une affirmation

L'erreur classique, c'est de commencer avec 25 dossiers. L'agent hésite, range mal, et toi aussi. Tu ajouteras des dossiers quand un vrai besoin apparaîtra

Étape 2 : le fichier AGENTS.md, le règlement de ton coffre

Codex lit les fichiers AGENTS.md avant de commencer à travailler (documentation OpenAI). Il en existe deux niveaux :

• Global, dans ton dossier personnel Codex (~/.codex/AGENTS.md) : tes préférences valables partout

• Projet, à la racine du coffre et éventuellement dans ses sous-dossiers : les règles propres à ce coffre. Le fichier le plus proche du dossier de travail passe en dernier et prend le dessus

Deux détails de la documentation à connaître. Codex arrête de charger ces fichiers au-delà de 32 Kio cumulés par défaut, donc garde-les courts. Et il reconstruit ses consignes à chaque lancement : après une modification, relance une conversation

Voici un AGENTS.md d'exemple pour le coffre ci-dessus. Adapte-le, mais garde l'esprit :

# Règles du coffre

## Avant d'écrire

• Lis index.md pour savoir où ranger une information

• Cherche une note existante sur le sujet avant d'en créer une nouvelle

## Comment écrire

• Modifie le minimum nécessaire : ajoute ou corrige un passage, ne réécris jamais une note entière

• Ne supprime ni ne renomme aucun fichier sans mon accord explicite

• Chaque fait ajouté porte sa source et sa date, par exemple : (Source : réunion du 26/09/2026)

• Distingue ce qui est prévu, fait, envoyé ou payé : ce sont des statuts différents

• Relie chaque nouvelle note à au moins une note existante avec un lien [[...]]

## Où écrire

• Captures brutes dans inbox/

• Ce qui s'est passé aujourd'hui dans journal/AAAA-MM-JJ.md, à la suite de ce qui existe

• Connaissances durables dans sujets/, une idée par note

## Traçabilité

• Après chaque modification, ajoute une ligne dans log.md : date, fichier, ce qui a changé

• Ne touche jamais au dossier .obsidian/

Chaque règle évite un problème précis :

• « Modifie le minimum » évite qu'un agent réécrive une note de 200 lignes pour ajouter une phrase et fasse disparaître au passage un détail important

• « Source et date » permet de savoir, trois mois plus tard, si une information est encore vraie

• « Prévu, fait, envoyé, payé » évite la confusion la plus coûteuse : une note qui dit « facture envoyée » alors qu'elle était seulement préparée

• Le registre log.md te donne une vue rapide de ce que l'agent a touché

Si tu utilises aussi Claude Code, il lit AGENTS.md quand ton projet n'a pas de CLAUDE.md, et un CLAUDE.md peut importer AGENTS.md (documentation Claude Code). Un seul règlement peut servir aux deux agents

Étape 3 : ouvrir le coffre dans Codex et vérifier

Ouvre le dossier du coffre dans Codex, puis commence par un test :

Résume les règles que tu as chargées pour ce dossier, puis liste les sous-dossiers du coffre et leur rôle

C'est la même logique que le test proposé par la documentation OpenAI : si l'agent ne cite pas tes règles, il ne les a pas chargées. Vérifie que tu as ouvert le bon dossier et que le fichier s'appelle exactement AGENTS.md

Ouvre ensuite Obsidian sur le même dossier. Tu as maintenant deux fenêtres sur les mêmes fichiers : Obsidian pour lire et naviguer, Codex pour faire le travail

Les 3 routines qui font vivre un second cerveau

Un coffre ne devient utile que s'il est alimenté et entretenu. Trois routines suffisent pour commencer

1. Capturer

Tu donnes à l'agent de la matière brute : un compte rendu dicté, un article, des idées en vrac

Voici mes notes de la réunion de ce matin. Range-les selon les règles du coffre : les décisions dans le projet concerné, le reste dans le journal du jour. Cite la réunion comme source

2. Relier

Une fois par semaine, tu demandes à l'agent de faire le lien entre les notes

Parcours les notes créées cette semaine. Pour chacune, propose les liens vers des notes existantes qui manquent. Montre-moi la liste avant d'écrire quoi que ce soit

Le « montre-moi avant » compte : sur les notes durables, tu gardes la décision

3. Consolider

C'est la routine qui transforme un tas de notes en connaissance. L'agent relit le journal et l'inbox, puis met à jour les notes durables

Relis le journal des 7 derniers jours et l'inbox. Mets à jour les notes de projets/ et sujets/ avec ce qui a changé, en ajoutant les sources. Si deux informations se contredisent, ne tranche pas : signale-le moi

Dans l'application, tu peux programmer une tâche récurrente, par exemple chaque dimanche soir. Les tâches planifiées peuvent travailler dans un projet local, à condition que l'ordinateur reste allumé et l'application ouverte (documentation OpenAI sur les tâches planifiées). Commence par la lancer à la main quelques semaines : tu verras vite ce qu'il faut corriger dans tes règles

Les garde-fous qui évitent le chaos

Les règles d'AGENTS.md font l'essentiel du travail. Quatre habitudes complètent le dispositif

Sépare tes coffres. Un agent qui prépare un post pour ton activité n'a aucune raison de lire tes notes de santé ou tes finances personnelles. Chez Kryve, la connaissance de l'entreprise, l'exécution et la vie privée vivent dans des coffres distincts. Tu ouvres dans Codex seulement le dossier dont la tâche a besoin

Versionne avec Git. Chaque modification devient une étape que tu peux relire et annuler. C'est ton filet de sécurité le jour où l'agent range mal une série de notes

Un agent par tâche sur un même fichier. Si deux agents modifient la même note en même temps, l'un peut écraser le travail de l'autre. Les worktrees donnent à chaque agent sa propre copie de travail, puis tu relis avant d'intégrer. L'application les propose, notamment pour les tâches planifiées

Ne confonds pas la mémoire de Codex avec tes règles. Quand tu l'actives, Codex tient une mémoire locale qui retient du contexte utile d'une conversation à l'autre. OpenAI recommande de garder les consignes indispensables dans AGENTS.md et de traiter cette mémoire comme une aide au rappel, pas comme la seule source des règles (documentation OpenAI sur les mémoires). Ton coffre, lui, reste lisible, vérifiable et à toi

Quand le coffre grossit : retrouver la bonne note

Avec quelques dizaines de notes, l'agent retrouve l'information par une simple recherche de mots dans les fichiers. Avec plusieurs milliers, ça ne suffit plus : tu te souviens de l'idée, pas du mot exact que tu as utilisé

La réponse, c'est la recherche sémantique : retrouver un passage par proximité de sens plutôt que par mot-clé. Exemple : tu demandes comment garder tes plantes en vie pendant les vacances, et la recherche remonte une note intitulée « arrosage automatique en cas d'absence »

Notre propre système combine recherche par mots exacts et recherche sémantique, puis fournit à l'agent des extraits sourcés pendant la conversation. Si tu veux voir l'architecture, elle est détaillée dans l'étude de cas Obsidian + Codex

Mon conseil : ne commence pas par là. Une structure claire et de bonnes règles d'écriture valent plus qu'un moteur de recherche branché sur un coffre en désordre

Les erreurs les plus fréquentes

• Tout importer le premier jour. Des années de notes en vrac donnent un agent qui retrouve du bruit. Importe par blocs, en commençant par ce qui sert chaque semaine

• Laisser l'agent renommer et déplacer librement. Obsidian met à jour les liens quand tu renommes une note depuis l'application. Un renommage fait par un autre programme ne passe pas par ce mécanisme, et tes liens peuvent casser. D'où la règle « pas de renommage sans accord »

• Un AGENTS.md de 3 pages. Plus il est long, moins chaque règle pèse. Garde l'essentiel et corrige-le quand l'agent répète une erreur

• Pas de date sur les faits. Sans date, une information de mars ressemble à une information d'hier

• Croire l'agent sur parole. Quand il dit avoir mis à jour une note, ouvre-la dans Obsidian ou regarde la modification dans Git

FAQ

Faut-il un plugin Obsidian pour utiliser Codex ?

Non. Un coffre Obsidian est un dossier de fichiers Markdown sur ton ordinateur. Codex travaille directement dans ce dossier et Obsidian affiche les changements automatiquement

Obsidian est-il payant ?

L'application est gratuite, sans inscription, y compris pour un usage professionnel. Sync et Publish sont des services optionnels payants, et une licence commerciale existe pour soutenir le projet sans être obligatoire

Mes notes restent-elles privées ?

Obsidian stocke le coffre en local. En revanche, les fichiers que Codex ouvre entrent dans le contexte envoyé au modèle. Sépare tes coffres et ne donne à l'agent que le dossier dont la tâche a besoin

Codex ou Claude Code pour piloter Obsidian ?

Les deux fonctionnent sur le même coffre. Codex lit AGENTS.md. Claude Code lit AGENTS.md quand aucun CLAUDE.md n'est présent, ou peut l'importer depuis un CLAUDE.md. Un seul fichier de règles peut donc servir aux deux

Faut-il savoir coder ?

Non. Tu écris tes règles en français dans un fichier texte et tu parles à l'agent en langage naturel. Git est recommandé pour garder un historique, et l'agent peut le configurer avec toi

Pour aller plus loin

Si tu veux la méthode complète, j'ai écrit un guide gratuit de 20 pages sur ce système, avec des prompts à copier et deux skills fournis : récupère le guide Obsidian + Codex

Pour la théorie derrière tout ça, lis comment construire la mémoire d'un agent IA, puis comment connecter un agent aux données d'une entreprise. Et si Codex est encore nouveau pour toi, commence par Codex pour les non-développeurs

Un second cerveau bien tenu devient aussi la base d'un assistant IA personnel ou d'un morning brief qui prépare ta journée

Et si tu veux apprendre à construire ce genre de système avec un parcours guidé, c'est ce qu'on fait dans le Kryve Hub